Habrá una tabla de posiciones acumulada para todo el año. El torneo se dividirá en 4 etapas: Apertura, Clausura, Liguillas y Play Offs.
Resultados y Tabla de posiciones de fútbol Peruano 2016
A) Apertura: Los 16 equipos jugarán todos contra todos en una rueda de 15 fechas (partidos de ida). El ganador clasificará a la Copa Sudamericana 2017, salvo que pierda la categoría a final de año.
B) Clausura: Los 16 equipos jugarán todos contra todos en otra rueda de 15 fechas (partidos de vuelta). Todos los equipos comenzarán con el puntaje que terminaron el Apertura. El ganador clasificará a la Copa Sudamericana 2017, salvo que pierda la categoría a final de año.
C) Liguillas: Tras el final del Clausura, se formarán los grupos A y B. No habrá sembrados, el primero del acumulado va al A y el segundo al B, el puesto 16 al A y el 15 al B, así consecutivamente. Todos los equipos comenzarán con el puntaje que terminaron el Clausura. En cada grupo jugarán todos contra todos en dos ruedas (ida y vuelta) en 14 fechas.
D) Play Offs (Semifinal y Final): Transcurridas las 44 fechas (Apertura, Clausura y Liguillas) se jugarán semifinales de ida y vuelta en las que el primero de la tabla acumulada se enfrentará al cuarto y el segundo al tercero. Los ganadores de cada llave jugarán la final por el «Título Nacional». La final se disputará en partidos de ida y vuelta en la que regirá la regla del gol de visitante.